國務院于2013年6月成立了第一次全國地理國情普查領導小組，由國務院副總理張高麗擔任組長，國土資源部部長姜大明、國務院副秘書長丁向陽、國家統(tǒng)計局局長馬建堂、國家測繪地理信息局局長徐德明擔任副組長。領導小組負責第一次全國地理國情普查工作的組織和領導，研究決定地理國情普查的重大事項，制定地理國情普查有關政策，協調解決重大問題。領導小組辦公室設在國家測繪地理信息局，徐德明在擔任領導小組副組長的同時兼任領導小組辦公室主任。
領導小組成員單位涉及中宣部、外交部、發(fā)改委、工信部、住建部、國家審計署、國家林業(yè)局、國家海洋局等多個部門，此次對外發(fā)布的成員單位職責分工對各部門承擔的職責進行了明確。以下為各成員單位的具體職責分工：
測繪地信局履行領導小組辦公室職責，承擔領導小組的日常工作，具體負責普查工作的業(yè)務指導與監(jiān)督檢查，負責地理國情普查的日常工作，全面負責地理國情普查的技術工作，負責地理國情普查成果的共享利用與分發(fā)服務工作。
中宣部負責指導地理國情普查宣傳工作，會同領導小組辦公室制定普查宣傳工作方案，組織協調新聞媒體做好有關宣傳報道。
外交部負責地理國情普查所需陸地邊界和界標、領?；€和基點等基礎資料的協調保障工作。
發(fā)展和改革委員會負責協調地理國情普查方案與國民經濟社會發(fā)展總體規(guī)劃、區(qū)域規(guī)劃及有關專項規(guī)劃的銜接工作，負責主體功能區(qū)規(guī)劃和區(qū)域規(guī)劃基礎資料的協調工作。
工業(yè)和信息化部負責地理國情普查所需公用通信網局房設施位置和屬性、各地方移動通信基站數量、光纖光纜長度等相關資料的協調保障工作。
公安部負責地理國情普查所需全國人口信息等資料的協調保障工作。
民政部負責地理國情普查所需行政區(qū)劃、行政區(qū)域界線(鄉(xiāng)鎮(zhèn)、行政村、代碼截止2012年)及界樁、重要自然地理實體、地名等基礎資料以及社會福利機構信息等資料的協調保障工作。
財政部負責中央負擔的地理國情普查經費的保障落實和資金使用的監(jiān)督管理。
人力資源和社會保障部負責協調指導地理國情普查項目表彰工作。
國土資源部負責地理國情普查所需第二次全國土地調查成果、全國土地變更調查監(jiān)測與核查成果、地質調查、地質災害分布、地質公園信息等資料的協調保障工作。
環(huán)境保護部負責地理國情普查所需生態(tài)保護規(guī)劃、全國污染源普查及動態(tài)更新調查成果以及自然保護區(qū)分布、生態(tài)功能區(qū)分布和環(huán)保統(tǒng)計年報等資料的協調保障工作。
住房和城鄉(xiāng)建設部負責地理國情普查所需全國城鎮(zhèn)體系規(guī)劃、城市總體規(guī)劃、省域城鎮(zhèn)體系規(guī)劃、全國重點鎮(zhèn)名錄、城市、鎮(zhèn)、鄉(xiāng)、村莊建成區(qū)和規(guī)劃區(qū)范圍，城市市政公用設施、全國風景名勝區(qū)、世界自然遺產、世界自然與文化雙重遺產等基礎資料的協調保障工作。
交通運輸部負責地理國情普查所需第二次全國公路普查、第三次全國港口普查成果以及公路、水路和鐵路等交通設施基礎資料的協調保障工作。
水利部負責地理國情普查所需第一次全國水利普查資料的協調保障工作。
農業(yè)部負責地理國情普查所需農業(yè)資源區(qū)劃等基礎資料的協調保障工作。
審計署負責地理國情普查項目資金的審計監(jiān)督工作。
統(tǒng)計局負責地理國情普查所需社會經濟統(tǒng)計資料、第二次全國農業(yè)普查、第三次全國經濟普查、第六次全國人口普查等成果的協調保障工作，指導地理國情普查方案的制定，協助普查統(tǒng)計工作。
林業(yè)局負責地理國情普查所需第二次全國濕地資源調查、第八次全國森林資源清查、第四次全國荒漠化監(jiān)測成果以及林業(yè)系統(tǒng)五種類型自然保護區(qū)、植物園(樹木園)、森林公園、國有林場等基礎資料的協調保障工作。
旅游局負責地理國情普查所需旅游資源基礎資料的協調保障工作。
地震局負責地理國情普查所需陸態(tài)網觀測成果、全國地震烈度區(qū)劃圖或地震動參數區(qū)劃圖、地震重點監(jiān)視防御區(qū)、中國主要地震活動斷裂分布圖、地震信息等資料的協調保障工作。
能源局負責地理國情普查所需能源(包括電力)設施基礎資料的協調保障工作。
海洋局負責地理國情普查所需海岸線、沿海省際間海域界線資料、陸地海岸帶以外無居民海島地名、領?；c等基礎資料協調保障工作。
民航局負責地理國情普查所需全國范圍內通用機場、運輸基礎等基礎資料的協調保障工作。
文物局負責地理國情普查所需第三次全國文物普查成果以及世界文化遺產、全國重點文物保護單位等基礎資料的協調保障工作。
總參測繪導航局負責軍事管理區(qū)和軍事禁區(qū)內地理國情普查的組織管理工作。
武警部隊按照用兵規(guī)定，協助配合做好地理國情普查安全保障工作。
領導小組在通知中表示，第一次全國地理國情普查將按照“全國統(tǒng)一領導、部門分工協作、地方分級負責、各方共同參與”的原則，請各部門按照各自職責分工，各司其職、各負其責、通力協作、密切配合，指導和督促地方各級人民政府相關部門做好地理國情普查的協助和配合工作，并及時提供地理國情普查所需各部門基礎資料。國家測繪地理信息局要建立地理國情普查成果共享機制，滿足有關部門的共享利用的需要。
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