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中科院信息化建設(shè)創(chuàng)新實踐:信息化讓科研更容易

  坐在北京的辦公室里,遠在千里之外的西藏當雄生態(tài)試驗站的工作情況便可盡收眼底;揮動一下鼠標,野外臺站監(jiān)測的數(shù)據(jù)就能立馬顯現(xiàn)出來……這在幾年前是無法想象的。

  坐在北京的辦公室里,遠在千里之外的西藏當雄生態(tài)試驗站的工作情況便可盡收眼底;揮動一下鼠標,野外臺站監(jiān)測的數(shù)據(jù)就能立馬顯現(xiàn)出來……這在幾年前是無法想象的。

  “過去從野外數(shù)據(jù)的收集處理到傳回北京中心大約需要1年的周期,花費大量的人力、財力不說,數(shù)據(jù)經(jīng)常丟失是讓人最頭疼的事。”中國科學(xué)院地理科學(xué)與資源研究所拉薩生態(tài)試驗站站長何永濤由衷感慨。

  這種現(xiàn)象的改變得益于中國陸地生態(tài)系統(tǒng)碳收支集成研究的e-Science(科研信息化)環(huán)境建設(shè)的推進。

  不僅僅是野外考察,“十一五”期間,中科院以應(yīng)用需求為出發(fā)點,在天文e-VLBI觀測、宇宙起源、氣候模擬等多方面開展了一系列的e-Science應(yīng)用探索,并集中在基礎(chǔ)、資環(huán)、生物、高技術(shù)四大領(lǐng)域部署實施了14個e-Science示范應(yīng)用項目。

  “利用遙感數(shù)據(jù)采集、高速網(wǎng)絡(luò)傳輸、超級計算環(huán)境、協(xié)同工作平臺等信息化手段,使一些以前無法開展的工作成為可能,提高了科學(xué)研究的效率和水平,促進了科技創(chuàng)新能力的提升。” 中國科學(xué)院副秘書長譚鐵牛在談到科研信息化時如是說。

  譚鐵牛認為,信息化對傳統(tǒng)科研行為方式的變革和對科技創(chuàng)新跨越式發(fā)展的助推作用已開始顯現(xiàn)。

  讓科研變得更便捷高效

  西藏生態(tài)試驗站位于西藏當雄地區(qū),距離拉薩市區(qū)將近200公里,以前,科研人員每隔20天才能驅(qū)車前往觀測站,取回野外觀測數(shù)據(jù)。

  “遇上風雪天,20天也不能去一次,之前的數(shù)據(jù)就會丟失。” 何永濤說。

  中科院地理所副研究員、中國生態(tài)系統(tǒng)研究網(wǎng)絡(luò)綜合研究中心副主任何洪林告訴記者,由于當時觀測設(shè)備的存儲容量只有20天,超過20天,儀器就會自動刷新。

  近年來,中科院地理所與中科院網(wǎng)絡(luò)中心合作積極推動服務(wù)于生態(tài)系統(tǒng)碳收支集成研究的e-Science環(huán)境建設(shè)。在中國陸地生態(tài)系統(tǒng)通量觀測研究網(wǎng)絡(luò)(ChinaFLUX)基本上完成了從元數(shù)據(jù)國家標準、數(shù)據(jù)資源體系和數(shù)據(jù)信息系統(tǒng)三部分內(nèi)容的建設(shè),形成了具有自己特色的數(shù)據(jù)管理體系;同時也建立了通量數(shù)據(jù)庫和基于MATLAB平臺的通量數(shù)據(jù)處理系統(tǒng);并且在部分臺站開展了傳感器網(wǎng)絡(luò)建設(shè)和應(yīng)用試點研究。

  截至目前,廣東鼎湖山、西藏當雄等7個ChinaFLUX臺站,都實現(xiàn)了從通量塔到臺站的有線或者無線的傳輸網(wǎng)絡(luò)的建設(shè),為通量、視頻、圖片等數(shù)據(jù)的有效傳輸提供支持。

  “科研人員的野外工作強度大大降低,獲取非生長季期間通量觀測數(shù)據(jù)的難題也得到了解決。” 中科院地理所研究員、國家生態(tài)系統(tǒng)觀測研究網(wǎng)絡(luò)綜合研究中心主任、中國生態(tài)系統(tǒng)研究網(wǎng)絡(luò)綜合研究中心主任于貴瑞表示。

  e-VLBI是e-Science的另一個示范應(yīng)用項目。2004年起,經(jīng)過三年時間,中科院VLBI測軌分系統(tǒng)全面完成了對原VLBI天文測量系統(tǒng)的信息化改造。

  上海天文臺VLBI研究室副主任鄭為民介紹,e-VLBI通過高速互聯(lián)網(wǎng),將分布于北京、上海、昆明和烏魯木齊的四座觀測站以及上海天文臺的數(shù)據(jù)處理中心,連結(jié)成分辨率相當于口徑為3000多公里的巨大綜合射電望遠鏡,測角精度可以達到百分之幾角秒。

  在嫦娥一號工程關(guān)鍵任務(wù)段,e-VLBI得以準實時的處理方式快速提供測量數(shù)據(jù),滯后時間多數(shù)小于5分鐘,這一結(jié)果遠遠優(yōu)于原計劃中10分鐘的滯后上限。

  而在嫦娥二號發(fā)射期間,經(jīng)過升級后的e-VLBI 網(wǎng)再次以準實時方式對衛(wèi)星進行精密測量,大部分數(shù)據(jù)滯后時間縮短至3分鐘。

  造就全新的科研模式

  虛擬天文臺可以說是最早開展e-Science探索的項目。早在2002年,依托中科院大天區(qū)面積多目標光纖光譜天文望遠鏡(LAMOST)大科學(xué)工程,以國家天文臺為主的國內(nèi)天文學(xué)家提出了中國虛擬天文臺(China-VO)研究開發(fā)計劃。2002年,China-VO加入國際虛擬天文臺聯(lián)盟。

  今年10月,LAMOST開始進行巡天觀測,每晚約能拍到上萬的天體光譜。

  LAMOST觀測運行部施建榮告訴記者,他們就是利用虛擬天文臺對LAMOST的觀測數(shù)據(jù)進行批量發(fā)布。

  “全球的天文信息都可以通過虛擬天文臺這個平臺進行共享。”中科院國家天文臺信息與計算中心主任崔辰州說。

  所謂虛擬天文臺就是通過先進的信息技術(shù)將全球范圍內(nèi)的天文研究資源無縫透明地連結(jié)在一起形成的數(shù)據(jù)密集型網(wǎng)絡(luò)化天文研究和科普教育環(huán)境。

  “傳統(tǒng)的科研模式被打破。”崔辰州認為。

  “如同一棵大樹,樹根就是各種數(shù)據(jù)獲取點,各種數(shù)據(jù)會聚到樹干,各個課題組如同樹枝一樣充分利用這些數(shù)據(jù),通過討論研究,最后開花結(jié)果。” 前LAMOST項目總經(jīng)理趙永恒比喻說。

  沒有國界的科技合作

  2010年3月,歐洲大型強子對撞機LHC開始運行,全世界有6000多名科學(xué)家參加了LHC實驗,中國多個研究機構(gòu)與大學(xué)參加了LHC上的ATLAS和CMS兩個大型實驗。

  LHC每年能產(chǎn)生超過15PB的數(shù)據(jù)。“這是目前世界上最大最前沿的高能物理實驗,也是一個全新的高能物理領(lǐng)域的國際合作。”中科院高能物理研究所計算中心主任陳剛介紹。

  數(shù)據(jù)密集型網(wǎng)格平臺是中科院在基礎(chǔ)前沿領(lǐng)域的e-Science的重要示范應(yīng)用項目。在2006年,數(shù)據(jù)密集型網(wǎng)格平臺開始加入全球高能物理網(wǎng)格平臺,截至2010年底,該網(wǎng)格平臺具有1600個CPU核的計算能力,640TB的磁盤存儲能力。

  陳剛介紹,數(shù)據(jù)密集型網(wǎng)格平臺是以高能物理研究所為中心站點,多個合作單位為衛(wèi)星站點的聯(lián)盟。作為中心站點,高能物理研究所提供計算、存儲、安全等全面的網(wǎng)格服務(wù),衛(wèi)星站點則致力于具體科學(xué)應(yīng)用的支持。例如,山東大學(xué)、南京大學(xué)及中國科技大學(xué)站點支持ATLAS等科研項目;北京大學(xué)站點支持CMS等科研項目。

  同時,在中國科學(xué)院網(wǎng)絡(luò)中心的幫助下,他們對國際網(wǎng)絡(luò)進行了調(diào)試優(yōu)化,網(wǎng)絡(luò)鏈路的延時由350毫秒下降到180毫秒左右,整個國際鏈路的吞吐率得到了很大的改善,峰值達到1Gbps以上。

  為了滿足數(shù)據(jù)傳輸和作業(yè)調(diào)度的需求,還建立了到歐美的高速網(wǎng)絡(luò)鏈接,包括中歐之間的1Gbps的鏈路以及中美之間的622Mbps的鏈路。

  “我們能與全球高能物理網(wǎng)格平臺很好地聯(lián)合在一起,能參與到整個數(shù)據(jù)分析和物理計算中去。”陳剛介紹。

  目前每年為ATLAS和CMS實驗提供約1100萬CPU小時的機時,完成400余萬個計算作業(yè),與歐美之間的數(shù)據(jù)交換每年達到600TB,為新粒子尋找及新物理研究等工作起到重要的支撐作用。

  “利用數(shù)據(jù)密集型網(wǎng)格平臺,ATLAS和CMS實驗都作出了非常突出的成績。”陳剛說,中國數(shù)據(jù)密集型網(wǎng)格平臺已成為國際高能物理網(wǎng)格系統(tǒng)的一個重要站點。

  不僅如此,利用數(shù)據(jù)密集型網(wǎng)格平臺開展國際合作正進一步拓展。應(yīng)用也從高能物理領(lǐng)域,擴展到生物信息領(lǐng)域。

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