國家測繪總局測繪科學研究所成立之初就設置了地圖制圖研究室。當時，科研人員不足10人，主要研究課題以地圖設計和地圖編制為重點。20世紀60年代初，地圖制圖研究室相繼招收了一批武漢測繪學院和莫斯科測繪學院的畢業(yè)生，研究人員增至15人，充實了科研力量。

　　1961年，為適應《國家普通地圖集》與《國家歷史地圖集》編繪工作的需要，地圖制圖研究室分出部分人員組建了《國家普通地圖集》編輯室和《國家歷史地圖集》編輯室。

　　1973年，測繪研究所重建之后，在地圖制圖研究方面以地圖制圖和制印為研究重點。改革開放以后，隨著測繪事業(yè)和制圖專業(yè)的發(fā)展，以地圖制圖研究室的部分人員為骨干，先后組建了國土基礎(chǔ)信息系統(tǒng)研究室、專題地圖應用研究室、政府地理信息系統(tǒng)研究中心。1994年成立地理信息系統(tǒng)與地圖工程研究所。

　　2003年2月，在國家公益型科研院所改革中，地理信息系統(tǒng)與地圖工程研究所與國家測繪局地名研究所合并，更名為地圖學與地理信息系統(tǒng)研究所，加掛國家測繪局地名研究所牌子。

　　地圖學與地理信息系統(tǒng)研究所（國家測繪局地名研究所）主要從事地理信息系統(tǒng)理論與應用研究以及地圖制圖和地名學研究，重點解決地理空間信息采集、存儲、管理、分析、表達和應用等方面的理論與技術(shù)問題。其主要任務是為國家經(jīng)濟建設和社會發(fā)展提供地理信息和技術(shù)支撐，帶動全行業(yè)的技術(shù)革新與進步，推動國內(nèi)地理信息產(chǎn)業(yè)的持續(xù)發(fā)展。主要研究領(lǐng)域包括數(shù)字區(qū)域地理空間基礎(chǔ)框架、行業(yè)地理信息系統(tǒng)、基礎(chǔ)地理信息共享與社會化應用、大型地圖制圖工程、現(xiàn)代地圖學理論、理論地名學、地名信息系統(tǒng)等。

　　研究所擁有一支由博士、碩士和研究員、副研究員組成的高素質(zhì)人才隊伍，在地圖學與地理信息系統(tǒng)研究領(lǐng)域取得了豐碩成果。自主研發(fā)的空間數(shù)據(jù)入庫質(zhì)量檢查與控制軟件系統(tǒng)，實現(xiàn)了空間數(shù)據(jù)高質(zhì)量自動入庫，較大幅度地提高了建庫效率，填補了國內(nèi)無建庫質(zhì)量評價與控制軟件的空白。完成的地形圖非線性保密技術(shù)處理課題，于2002年通過國家測繪局、國家保密局和總參測繪局聯(lián)合組織的驗收，得到權(quán)威專家的高度評價，為軍民地圖分版、經(jīng)濟建設版地圖系列的開發(fā)奠定了扎實的基礎(chǔ)，并將極大地促進地理信息在國家經(jīng)濟建設相關(guān)行業(yè)的應用。提煉集成了無人駕駛飛行器遙感、單影像立體量測、精細三維建模、三維可視化平臺等的數(shù)字城市三維地理空間基礎(chǔ)框架構(gòu)建體系，解決了數(shù)字城市三維數(shù)據(jù)獲取的瓶頸問題。針對基礎(chǔ)地理信息專業(yè)應用領(lǐng)域，開發(fā)了公安戶籍管理信息系統(tǒng)、人口普查數(shù)據(jù)管理與空間分析信息系統(tǒng)、中央直屬糧庫信息查詢系統(tǒng)、城市地下管線信息管理系統(tǒng)、城鎮(zhèn)地籍管理信息系統(tǒng)、城市房產(chǎn)信息管理系統(tǒng)、多媒體招商引資信息系統(tǒng)和園林綠化管理信息系統(tǒng)等，有力帶動了這些行業(yè)的技術(shù)進步，促進了基礎(chǔ)地理信息的廣泛應用。

　　在地名研究方面，制定了國內(nèi)外地名譯音方法，在國內(nèi)外地名譯音規(guī)則研究方面取得了豐碩成果。開展了邊疆地區(qū)外來地名的清理和我國地圖上島礁名稱的正名和通名規(guī)范化方面的研究，研究成果為我國地名的國家標準化和國際標準化，維護民族尊嚴和領(lǐng)土主權(quán)發(fā)揮了重要作用。

　　研究所承擔的項目屢獲獎勵，其中防汛遙感應用試驗成果獲國家科技進步一等獎，國土衛(wèi)片在京津唐地區(qū)國土資源與環(huán)境調(diào)查中的應用研究、全國中藥資源普查獲國家科技進步二等獎，國家基礎(chǔ)地理信息系統(tǒng)（一期工程）獲國家科技進步三等獎。